น้ำเสีย ส่วนใหญ่อาจจะเกิดจากสาเหตุหลายประการเช่น การตกหล่นของอาหาร การเน่าเสียของน้ำในบ่อเลี้ยง เกิดจากการสะสมของอาหารที่สัตว์น้ำกิน รวมทั้งสิ่งขับถ่ายต่าง ๆ ของสัตว์น้ำนั้นเอง และในบางครั้งสัตว์น้ำในบ่อเลี้ยงอาจตายลงโดยผู้เลี้ยงไม่รู้ และเกิดการเน่าขึ้นได้ ซึ่งการเน่าและหมักของสิ่ง ปฎิกูล จะทำให้เกิดแก๊สแอมโมเนีย ก๊าซไฮโดรเจน ซัลไพค์ ก๊าซไนไตรท์ ซึ่งเป็นอันตรายกับสัตว์น้ำได้
ก๊าซแอมโนเนีย เกิดจากการเน่าเสียของเศษอาหาร และมูลของสัตว์น้ำ ทับถมกันเป็นระยะเวลานาน จะมีการเปลี่ยนปฎิกริยาทางเคมี ออกมาเป็นรูปก๊าซแอมโมเนีย ซึ่งก่อให้เกิดผลร้ายต่อระบบการหายใจ เมื่อแอมโมเนียในน้ำปริมาณสูงขึ้น จะมีผลให้การขับถ่ายแอมโมเนียของกุ้งทำได้น้อยลงทำให้เกิดการสะสมของแอมโมเนียในเลือดและเนื้อเยื่อ ส่งผลให้พีเอชของเลือดเพิ่มขึ้นและมีผลต่อการทำงานของเอ็นไซม์ แอมโมเนียจะทำให้การใช้ออกซิเจนของเนื้อเยื่อสูงขึ้น แอมโมเนียจะไปทำลายเหงือกและความสามารถในการขนส่งออกซิเจนและทำให้กุ้งอ่อนแอติดโรคได้ง่าย ป่วย และตายได้
ก๊าซไนไตรท์ เป็นการเปลี่ยนกระบวนการ หรือถ่ายสสารจากก๊าซแอมโมเนีย แตกตัวเปลี่ยนมาเป็นก๊าซไนไตรท์ ซึ่งจะออกฤทธิ์อย่างร้ายแรง เมื่อสภาพน้ำมีค่า pH ต่ำหรือมีความเป็นกรด ซึ่งเมื่อออกฤทธิ์จะทำให้ระบบทางเดินหายใจของสัตว์น้ำ จะทำให้เกล็ดเลือดเป็นพิษ สัตว์น้ำจะหายใจไม่ออก เกิดการตายเนื่องจากการขาดออกซิเจน (ระดับความเป็นพิษของไนไตรท์จะเพิ่มมากขึ้นเมื่อค่าออกซิเจนที่ละลายน้ำ (DO) และค่าพีเอชน้ำลดลง ) ความเป็นพิษของไนไตรท์จะถูกยับยั้งโดยคลอไรด์ในน้ำ ดังนั้นในน้ำทะเลซึ่งมีคลอไรด์สูงความเป็นพิษของไนไตรท์ต่อสัตว์น้ำจึงค่อนข้างต่ำ สำหรับเกษตรกรผู้เลี้ยงกุ้งในระบบความเค็มต่ำซึ่งน้ำในบ่อมีปริมาณของคลอไรด์ในน้ำน้อย ปัญหาความเป็นพิษของไนไตรท์ในบ่อกุ้งจึงเกิดได้ง่ายกว่า การใส่เกลือหรือเติมเกลือลงในน้ำจึงมีความจำเป็นอย่างมากหากพบว่าค่าไนไตรท์ในบ่อสูง
ดังนั้นการป้องกันหรือแก้ปัญหาเรื่องความเป็นพิษของแอมโมเนีย และไนไตรท์สูง โดยการควบคุมการให้อาหาร ใส่เกลือ หรือ เกลือแร่ธาตุ อีกทั้งมีการเปลี่ยนถ่ายน้ำและการให้อากาศที่พอเพียงปัญหาความเป็นพิษจากสารประกอบไนโตรเจนทั้งสองตัวนี้จะหมดไป
